Europos Sąjungos reikalų koordinavimas – tai Lietuvos Respublikos pozicijos Europos Sąjungos (toliau vadinama – ES) institucijose nagrinėjamais klausimais rengimas, derinimas, svarstymas, pristatymas ES institucijose, ES teisės aktų (acquis communautaire) perkėlimo į Lietuvos Respublikos nacionalinę teisę ir įgyvendinimo koordinavimas, ES teisės pažeidimo procedūros koordinavimas. ES reikalų koordinavimas vykdomas vadovaujantis Lietuvos Respublikos Vyriausybės 2004 m. sausio mėn. 9 d. nutarimu Nr. 21 „Dėl Europos Sąjungos reikalų koordinavimo“. 

Energetikos ministerija, dalyvaudama įgyvendinant ir formuojant Europos Sąjungos politiką energetikos ūkio plėtros klausimais ir remdamasi Lietuvos Respublikos Vyriausybės 2009 m. vasario 11 d. nutarimu Nr. 86 „Dėl Lietuvos Respublikos Energetikos ministerijos nuostatų patvirtinimo“ atlieka šias jai pavestas funkcijas: 

-     pagal kompetenciją rengia ir derina Lietuvos Respublikos poziciją Europos Sąjungos institucijose ir jų darbo organuose nagrinėjamais klausimais, koordinuoja Energetikos ministerijos valdymo sričiai priskirtų valstybės institucijų ir įstaigų pozicijų rengimą ir derinimą Europos Sąjungos institucijose ir jų darbo organuose nagrinėjamais klausimais, taip pat dalyvauja, kai pozicijas rengia kitos institucijos; 

-     pagal kompetenciją užtikrina efektyvų atstovavimą Lietuvos interesams Europos Sąjungos institucijose ir jų darbo organuose; 

-     pagal kompetenciją perkelia į nacionalinę teisę ir įgyvendina Europos Sąjungos teisę (acquis communautaire) ir vykdo kitus Lietuvos narystės Europos Sąjungoje įsipareigojimus, Europos Sąjungos teisės aktų nustatyta tvarka apie tai informuoja Europos Sąjungos institucijas; 

-     organizuoja valstybės įmonės Ignalinos AE eksploatavimo nutraukimą, derasi su Europos Komisija dėl jo finansavimo; koordinuoja Europos Sąjungos Ignalinos programą; 

-     koordinuoja Lietuvos ir kitų Europos Sąjungos valstybių energetikos sistemų sujungimo įgyvendinimą; 

-     pagal kompetenciją derina, ar Energetikos ministerijos teikiama parama nepažeidžia valstybės pagalbą reglamentuojančių Europos Bendrijos teisės aktų nuostatų.